ツェペリの死がありながらも、何とかディオの元に辿り着いたジョジョたち。
ツェペリの無念を晴らす、と弟子だったダイアーがディオを波紋法で攻撃しようとする。
が、気化冷凍法により、体を凍らせられ、バラバラの大量の氷の粒にされてしまう。
ダイアーは死に際に波紋入りの薔薇をディオの目に突き刺し、死に絶える。
投げた薔薇の棘は効果があると分かったジョジョは、波紋をブラフォードから貰った剣に伝わらせて切ると宣言する。
ジョジョは薔薇を大量に投げ、薔薇をはたいた隙をついてディオの腕、そして頭からディオを真っ二つにする。
だが、ディオは真っ二つになりながらもジョジョの剣と腕を凍らせ、ジョジョの頸動脈を掴む。
スピードワゴンはジョジョを助けようとするが、ゾンビ達に阻まれる。
トドメの一言を叫ぼうとするディオに
ジョジョはこう告げる。
ディオ！勝ったと思うな！お前は今！ミスを犯しているんだッ！
フフッ それは僕の生命を吸い取るためにぼくの全身を凍らせていない事だ！
全身を凍らせれば「波紋」は流れないがしかし！おまえも「生命エネルギー」も吸い取れない！
それがおまえが犯している戦法上のミスだ！
そしてジョジョは近くにあった炎を出している球体（急に出てきたがこれはなんだ？？）に剣先をあてがい、凍った体を溶かして波紋をディオにぶつけた。だが、再び手を気化冷凍法で凍らされる。その間ディオは真っ二つになった体を整えて復活する。
再び構えたジョジョは、手袋に火をつけ、ディオに拳を突きつける。
拳が入ったディオの体は溶け始める。最後にディオは自分の体液を目から光線のように出す。ジョジョはギリギリ避けたが危ないところだった。ディオの体は崖下にそのまま落ちていった。
しかし、例の東洋の売人は落ちて行くディオの首を回収してゆく…。
そして、石仮面はジョジョたちによってハンマーで砕かれた。
1889年2月2日
ジョジョとエリナは結婚した。新婚旅行にアメリカへ船に乗るシーンから始まる。しかしそこに暗黒の影が。
船の積み込みをする人たちが立派な箱（しかもWRRRYYYという声が聞こえる……これは？）を積み込む。東洋人が金を置いてこれを積めこめ指示されたという。
船の中にて。
エリナと食事をしていたとき、例の東洋の売人をジョジョは見かける。ジョジョはエリナに部屋に戻るよう言う。
一方船倉にて。
客の1人が、床板の隙間から船倉に十字架を落とす。それを取りに行った客は、ディオの首が入っている箱を見つける。
どんなお宝があるのだろう、と鍵を触った瞬間、客の頭が弾け飛ぶ。
そこに現れたジョジョ。そして同じく現れた東洋の売人は、ガラスケースに入ったディオの首を持っていた。
そして、ディオの首はジョジョの肉体を手に入れる、と宣言する。ディオの目から出た体液はジョジョの首を貫く。同時にエリナが現れる。
そしていつの間にか船はゾンビだらけとなっていた。エリナだけは！とジョジョは自分の首を取ろうと触れた東洋の売人に体内に残った全ての波紋を放出した。
波紋は東洋の売人（ワンチェン、ここで名前がでてきた）を操り、船のスクリューシャフトを止めるようにシャフトをワンチェンに掴ませた。
シャフトを止めるとどうなるか。ピストン内の蒸気の逃げ道がなくなり、圧力が高まり、船は爆破する。
虫の息のジョジョはエリナに、逃げるんだ、この船を爆破させると伝える。
エリナは貴方と共に死にますと答えてキスをする。
その時、赤ん坊が転がってくる。ジョジョはエリナに赤ん坊を助けて一緒に生きるよう伝える。
ディオはジョジョに取り憑こうとする。ジョジョはその首を抱きしめ、そのまま死に絶える。
1889年2月7日のことだった。
また、エリナにもジョジョとの生命が宿りはじめていた。
そしてこのまま第2部が始まる。
ジョジョの死から49年後、
最初に出てくるのは年老いたスピードワゴン。アメリカに渡って石油で成功したという。そして老師トンペティの後継者ステレイツォとその一派。
彼らはメキシコに、遺跡発掘隊により発見された「あるもの」を見に行くという。そこにはミイラ、そして石仮面があった。
場面は変わり。黒人に財布を取られたジョジョに似た男。その黒人は警察に殴られていた。ジョジョ似の男は「その財布は彼にあげたものですよ」と伝える。警察はウソだろうとバカにし、鼻くそを彼の頬につける。ジョジョ似の男は喧嘩に乗る。そして、黒人が持ってたコーラの栓を触りもしないで警察の指をぐしゃぐしゃにした。そんな強い彼なのに
はっ！思わずカッとなってまたやっちまった！！
ま……まいったな……エ……エリナばあちゃんにしかられるぜ！
と怯えていた。
財布を盗んだ黒人は彼にコーラの栓のことを聞いた。ジョジョ似の彼曰く、子供のころから自然と触った動物を眠らせたり、出血をとめたりできるそうで、若くして死んだ彼の祖父も同じことを出来たという。父はパイロットで戦死、母親もいないという。
彼の名はジョセフ・ジョースターという。ジョジョと呼んでくれとのことだった。（第1部のジョジョはジョナサン・ジョースター）
場面は変わって遺跡発掘現場のストレイツォとスピードワゴン一行。スピードワゴン曰く、中には恐ろしいものがあるという。そこには、石柱と一体化してる「生きている」男とたくさんの石仮面があった。
ストレイツォはジョセフ・ジョースターは元気か？と聞く。
ここで回想場面に入る。
スピードワゴンが飛行機で誘拐された（ハイジャック）時のこと。一緒にいたジョセフ・ジョースターはハイジャック犯に顔を銃で叩かれ血をだす。
スピードワゴン（ジョジョは殴られたことよりもエリナさんに買ってもらった服が血で汚れたことを怒るタイプ！）←面白い🤣
ジョジョは怒り、パイロットを波紋で気絶させた。ここでスピードワゴンはジョジョも波紋を使えると知る。
ジョジョ「よくもエリナばあちゃんに買ってもらった服を汚してくれたな！おまえらは殴りたおしただけでは気がすまないぜ！」
と飛行機を墜落させ、スピードワゴンとパイロット、ジョジョだけは座席だけを飛ばして九死に一生を得る
回想はここまで。
気がつくと周りには調査隊一行が血を流して倒れていた。
ストレイツォは
この者たちは今わたしが殺した……
そして君が死んだら、当然ジョナサンの孫は悲しみ怒りこのわたしに恨みをいだくだろうな
（中略）
わたしは50年前の戦いの時ひそかにディオにあこがれあ……
あの強さに美しさに不老不死に！
わたしも石仮面の力が欲しいと思う！
老いた今！なにものをも超えた生き物となりたいと願う！
次の節。
エリナに見つかったジョジョは慌ててタクシーでスモーキー（先程の黒人）とエリナとレストランに向かう。
ジョセフは祖父や先祖について知ってることを回想する。
エリナは船の事故で夫を失い、船の事故の後身篭っていた男の子とその事故の時いっしょに助かった女の赤ちゃんが結婚したのがジョセフの両親との事だった。
レストランにて。
スモーキーが黒人なことに難癖を付ける客。ジョジョは怒る。エリナは「他のお客に迷惑をかけずにきちっとやっつけなさい！」という。
メリケンサックをつけた客はジョセフの身のこなしにより、帽子掛けにメリケンサックを当てて痛がる。
そこで現れた男。「子分の無礼をゆるしてください。（中略）裏の情報でまだこの国の新聞屋とかには知られてねえんだがスピードワゴンが殺されましたぜ……うわさでは。殺ったのはチベットから来た男。」
と告げて5巻は終わる。
